Não recomendado em caso de gravidez e lactação. Deve ser evitado o uso em asmáticos. Também deve ser evitado o consumo de condroitina em indivíduos que tenham tido ou que tenham uma recorrência de cancro de próstata. Estão descritos efeitos adversos mínimos para o colagénio, nomeadamente algum desconforto gastrointestinal como a sensação de saciedade e de sabor desagradável, dor de cabeça. O sulfato de condroitina é seguro para a maioria das pessoas. Em alguns casos pode causar dor gástrica e náuseas. Têm sido registados outros efeitos adversos como a diarreia, obstipação, pálpebras inchadas, perda de cabelo e batimento cardíaco irregulares. Deve-se ter cuidado ao associar a condroitina (anticoagulante), por haver um risco aumentado de hemorragia.